1996 yılının yaz ayında, Eminönü içinde o güne kadar yaşanmış Mahluk savaşlarının en büyüğü gerçekleşti. Daha sonra mitolojik ismiyle adlandırılacak olan 3 başlı dev yaratık, Eminönü'ne denizden geldi. Mısır Çarşısı tarafındaki park bölgesinde karaya çıkan yaratık, Eminönü sahilinde o zamana kadar görülmüş kıyımlardan en büyüğünü gerçekleştirdi. Teşkilat acil müdahale grubu, yaratığı yavaşlatmak ve halkı güvenli bölgelere sevk edebilmek için büyük bir mücadele verdi. fare adam savaşlarından kalma siperler bir bir düştü.. Klan mensupları dahil herkes, uzun yıllar sonunda ilk kez aynı saflarda savaştılar. Çok değerli mücadeleciler kaybedildi. Sonunda bir başı cansız serilen yaratık, geri çekildi. Ancak Hidra korkusu, Eminönü'nde yaşayan insanlar arasında yerleşti. Bir zafer kazanılmış, fakat bu zafer umutları tazeleyememişti.
90'ların sonuna yaklaşırken, bazı cesur gruplar, meteor bölgesine yapılan keşif gezilerini arttırmışlardı. Özellikle "Büyük Hol" girişi pek çok gizem barındırıyordu. Ve bunun için teşkilat tarafından örgütlenen arayıcı bir grup, çalışmalarını sürdürüyordu. Tehlikeler bilgiye aç gurupları durdurmaya yeterli değildi.
Yeni bin yıl, Eminönü için yeni trajik haberlerle başladı. 2000 yılının 11 Mart'ında, Balyoz Nazım, yemeğine karıştırılan kuvvetli bir madde ile zehirlendi. Tıbbın imkanlarını ve şifacıların ustalıklarını aşan bu zehir nedeniyle, Balyoz Nazım'ın birkaç saat içerisinde komaya girdi ve öldü.
Suikastı kimin düzenlediği tespit edilemedi. Lodos klanı mensupları, saldırıdan dolayı Arz'ın Çocukları'nı suçladılar. Bazı kimseler, Lodos klan binasına çok yakın konumlandıkları için çetecilerden şüphelendiler. Ancak yapılan araştırmalar yeterli olamadı. Ve Eminönü, felaket sonrası dönemin yetiştirdiği önemli kahramanlardan birini daha kaybetti.
Lodos'ta Balyoz Nazım'ın vefatından 1 ay sonra yapılan liderlik seçimini İsmet Bey kazandı.